数字基因表达谱分析（Digital Gene Expression Tag  Profiling，DGE）是直接对某一物种或特定细胞在特定功能状态下产生的mRNA进行高通量测序，研究基因的表达差异情况。通过高通量测序一次可产生1千万个以上mRNA标签，可准确检测低丰度基因转录

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Illumina公司新一代DNA高通量测序仪Genome Analyzer采用核心专利技术“DNA簇”和“可逆性末端终止”，具有高准确性、高通量、高灵敏性和低运行成本等优势。

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circRNA 是通过特殊的选择性剪切产生封闭环状结构的非编码 RNA。 circRNA 不受 RNA 外切酶的影响，比线性 RNA 表达更稳定。研究表明，某些特殊的 cirrcRNA 分子富含miR

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贝瑞和康用新一代测序方法进行non-coding RNA分析的优势：1）不依赖参考基因组； 2）更加全面的发现新的非编码RNA；3）能够知道链的方向性。

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通过基于PacBio第三代测序和Illumina二代测序，根据菌株具体情况制定最优策略，最终得到一条完整的基因组序列（1 contig，0 gap），是细菌基因组测序的最高要求。

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宏基因组测序是指对样品中所有微生物基因组DNA片段化后进行高通量测序，进行序列组装和基因注释，获得部分不可纯培养微生物的基因组序列，分析该环境下所有微生物基因集信息。

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转录组（transcriptom）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合；狭义上指所有mRNA的集合。

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链特异性转录组测序（strand-specific RNA sequencing）是指在构建测序文库时，利用Illumina高保真Taq酶将mRNA链的方向信息保存到测序文库中。

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